Für den Einsatz im Desktopbereich gibt es einige Open Source- Programme, von denen wohl fast jeder schon mal gehört hat: Den Webbrowser Firefox zum Beispiel, das E-Mail-Programm Thunderbird oder die Office-Suite OpenOffice.org. Die beliebteren Open Source- Programme sind sowohl für Windows als auch für OS X und Linux erhältlich, oft auch für weniger verbreitete Betriebssysteme wie FreeBSD oder den BeOS-Nachfolger Haiku. Neben der Transparenz und der Tatsache, dass die Produkte meistens kostenlos sind, gehört zu den Vorteilen von Open Source, dass die Software sich erweitern und an eigene Vorlieben anpassen lässt. Wer zum Beispiel zuhause einen Mac, auf der Arbeit Windows und auf seinem Smartphone Android benutzt, kann auf allen drei Plattformen den Webbrowser Firefox verwenden – einschließlich der Erweiterungen, die es dafür gibt.

Wer auf Windows verzichten kann und auf seinem Desktop-Rechner ausschließlich Open Source einsetzen möchte, muss sich heute nicht mehr wesentlich einschränken: Es gibt Programme für nahezu jeden Einsatzzweck. Problematisch wird es allerdings, wenn man auf bestimmte Standard-Software angewiesen ist: OpenOffice.org ist nicht immer als Ersatz für Microsoft Office geeignet, GIMP kann nicht immer Photoshop ersetzen, und so weiter. Seit 1993 gibt es das Wine-Projekt, das es sich zum Ziel gesetzt hat, Windows-Software auf Open Source- Systemen lauffähig zu machen.